Матемаг
Они менее реалистичны, чем моё попадание в Гарри Поттера. Я такое не люблю даже рассматривать.

Как раз-таки растёт чудо-юдо. Мутанты Орочимару - это переполнение природной энергии. А Наруто в лягушку начинал превращаться перед окаменением.
И я не думаю, что там именно окаменение, скорее речь идёт о кристаллизации. Потому что чакру можно превратить в кристал - ожерелье, которое Цунаде подарила Наруто, было именно кристаллизированной чакрой первого Хокаге.

Нет такой. Есть физическая (читай телесная) и духовная энергии. Благодаря чакросистеме они могут смешиваться, и создавать чакру.
А что такое природная энергия -хз.

Поскольку чакра позволяет "запечатывать" обьект в тонкую бумажку, прыгать в другие измерения, и телепортацию, то она не трёхмерная энергия. Поэтому собирание реликтового излучения может быть энергетически выгодным при конвертации его в многомерную энергию с более низким общим потенциалом.
Или можно ввести некую энергию, излучаемую звездой, которую поглощает жизнь. Это уже идее энтропии точно не противоречит.

Потому что не все в клане Учих пробудили шаринган, а из тех, кто пробудил, не все сделали это полностью. Например, следак, пришедший арестовать Итачи имел два томое вместо трёх. То есть, человек, достаточно высоко стоящий в иерархии клана, который всё судит по качеству шарингана, имел не полностью пробужденный шаринган.
Так что дело в том, что Учих с полноценным шаринганом не хватило для доминирования над всеми.

Я не говорю о балансе. Я говорю о неестественности. Откуда-то в глазу появляется дзюцу.

Биологические маготехнологии.
Хотя не похоже, чтобы инопланетяне были именно что развиты. У них более качественное восприятие энергии и прорва мощи. И им обычно вполне хватало элементарных манипуляций. А потом они столкнулись с более магологически развитым миром Наруто.

Очевидно, где-то там у инопланетян что-то было.
А насчёт "обычных механизмов", то с чего ты взял, что они могут использовать эти магические энергии?

Поскольку свойства вселенной одинаковые, у всего живого есть физическая энергия, а у разумных есть духовная энергия и души. А духовной энергией разумный уже может управлять, хотя это очень сложно, и она не то чтобы много может.
Дальше очевидно: исследуя духовную энергию эта цивилизация смогла обнаружить процесс её смешивания с физической, а позже создать искусственного симбионта - чакросистему. В лоре четко сказано, что чакры у базовых людей нет.
Но при этом, инопланетяне, прилетевшие в мир Наруто явно не представители этой цивилизации, а дикари идущие путём экстенсивного развития. Вероятный сценарий: изначальные инопланетяне создали супер инструмент - Дерево, а потом оно взбунтовалось и сьело их.
(Если бы такой монстр появился в нашем мире, то полностью бы уничтожил цивилизацию, потому что неубиваем магловским оружием.)
А некоторые выжившие разбежались с готовыми семенами Дерева в руках.

Так прикол в том, что исходные глаза таких встроенных техник не имеют.

Там была скрытая за кадром цивилизация, о которой мы ничего не знаем. А тут практически в кадре чувак, бросающийся холодным оружием и примитивными выбросами чакры, сходу на коленке создаёт варпающую реальность технику. И она работает с первой попытки.