Храню ИНН копией в паспорте (так можно, мои бывшие коллеги из ИФНС сами так себе сделали поголовно). Насчёт смены ИНН, вероятно, случился сбой в работе АИС (эта хрень сбоит почти всегда), либо человеческий фактор (в налоговой тоже люди работают, да). Ещё один вариант — попытка махинации, но тут достаточно действительно ткнуть инспектора в ваш бумажный ИНН. Если вменяемый, то исправит, если нет, то обращение к руководителю отдела/начальнику отделения поможет разобраться (сотрудник потом получит служебное расследование, по итогам которого будут решать о допуске его к дальнейшей работе).