Поскольку никто еще этого не сказал, вставлю и я свои пять копеек.
Очень похоже, что у Северуса в качестве базисной установки заложено недоверие к миру. Мир воспринимается прежде всего как опасность и как угроза, как то, что может причинить вред и от чего надо защищаться; как место, где не живут, а выживают. Оно и неудивительно: фиговые отношения в семье, бедность, нищее окружение - странно было бы, если бы оно у него не сложилось. Именно поэтому он не может сразу подойти к девочкам на детской площадке - ему надо сначала за ними понаблюдать. Именно поэтому у него-ребенка такой набор сведений о магическом мире: как там наказывают и за что, за что могут посадить в тюрьму, а за что не могут. Это его свойство будет видно и потом, очень ярко во всех книгах... рискну предположить, что явно болевая точка "трус!" растет откуда-то оттуда же. 
Так вот, я все это к чему: когда Лили спрашивает его о своем маггловском происхождении - он, ИМХО, слышит совсем не то, что она у него спрашивает. Он слышит то, что спросил бы на ее месте сам: "чем это может мне грозить?" И отвечает не сразу, потому что честно перебирает в голове возможные опасности.
А вот она, похоже, спрашивает, совсем не это. Чисто субъективное ИМХО: она хочет, чтобы ее любили, и боится, что ее не будут любить; боится, что "любовь отберут". Об этом и спрашивает. Почему я так думаю - да из-за Петуньи же. По ощущениям, сестра уже дала Лили понять, что она любимая не вообще, потому что сестра, а только пока слушается и "прилично себя ведет". А Лили хочет, чтобы ее любили... 
Разумеется, Северусовых заморочек с опасностями у нее нет, и заморочек с выживанием - тоже; поэтому она и реагирует только на то, что способна понять - так радостно принимает хорошее отношение к себе, а спрашивает, ругаются ли его родители. (Читай: родители тебя/друг друга любят?) И опять же ИМХО: он скрытен, поэтому "дежурным ответом" она не довольствуется и расспрашивает дальше. Но о проблемах в семье она знает не от Петуньи и не из сплетен, а от него самого. Иначе он взвился бы от ее вопроса до небес, а он отвечает и даже не спрашивает "откуда ты знаешь?" Значит - уже спрашивала и уже на эту тему говорили. ИМХО, это поведение ребенка не то чтобы совсем нечуткого... скажем так: что сама испытывала, она понять у других может, что сама не испытывала - не-а. И даже не понимает, что чего-то не понимает. "Петунье больно" - да, "Петунья ревнует" - нет, причем с оттенком не "я этого не понимаю", а "так не бывает". "У Северуса проблемы с родителями" - да, "у Северуса проблемы со всем миром" - опять-таки нет.
Лично я не считаю, что она в чем-то виновата (как, впрочем, и он тоже), просто у них проблема - они говорят на разных языках, что видно уже сейчас, а в будущем будет только усугубляться.