На основании, что Кадзи ТРОЙНОЙ агент.
Он сливает инфу про Гендо - праительству, про SEELE - Гендо и правительству, про Гендо он сливает SEELE дезу.
Таим образом единственным органом, который он не кидает - это разведка Японии, куда его и завербовали с самого начала.

Спорить про послеударную политику можно много и долго. По авторскому лору, наверняка, ООН стало исключительно могущественным органом, однако надо понимать что ООН - это не SEELE, хотя ложа наверняка состоит из высокопоставленных членов ООН и имеет на там большое влияние. Тем не менее, Япония остаётся суверенным государством.
Таким образом финальная атака NERV с помощью JSDF - это не прямая агрессия SEELE, которая могло отдать соответствующий приказ суверенному правительству Японии, а лишь умелая политическая манипуляция старичков, которые устроили контролируемый слив информации, чтобы добиться уничтожения Гендо чужими руками, как предателя посмевшего вмешаться в великий замысел SEELE.