А что есть прямая агрессия в исполнении SEELE? И зачем лично вторгаться куда-то, когда можно напрячь агентов влияния прямо на месте?
И очень сомнительно, что SEELE не в курсе работы Кадзи на японскую разведку. Даже в нашем мире внешнеполитическая самостоятельность Японии несколько ограничена (она "непотопляемый авианосец" одной сверхдержавы), а в обстановке послеударной разрухи у неё будет ещё меньше возможностей проводить самостоятельную политику. И тогда у внешних сил (того же SEELE) появится возможность через своих агентов влияния контролировать деятельность японских спецслужб. И раздобыть списки их сотрудников.

Увы, послеударная Япония далека от статуса мировой державы (слишком велики человеческие и материальные потери). Ей достанется роль вассала (причем жестко контролируемого из-за своего важного географического положения) по отношению к полностью суверенному политическому игроку (SEELE).