У Гермионы , в ее "сумочке". Я так думаю: не могли же они двигаться и при этом держать чашу в руках? Но, отчасти вы правы
"— Стойте, стойте! — вскрикнула Гермиона, увидев, что Рон подхватил крестраж, а Гарри вытащил мантию-невидимку."
То есть, последним, до прятанья в сумку, держал крестраж Рон.