Насколько я помню, там если и говорилось о микромире, то разве что вскользь и без акцента на него. Однако было в "Живёшь только трижды", с выделением на это одного кусочка сюжета "Маги живут в другом времени". И готовьтесь к тому, что там допущено одно интересное допущением под названием "медихларианы".
http://samlib.ru/h/hitech_a/you_only_live_thrice.shtml#Маги%20живут%20в%20другом%20времени

Три рубля
безусловно, можно , но вся штука именно в управлении атомами, мб молекулами, вмешательство в кристаллическую решетку или разрыв связей, контроль над электронами, хз что еще
строго говоря, идея атома возникла еще в античности, а развитие получила в 17 веке (или 18?), т.е. магики с ней вполне могли бы быть знакомы
то, что это вот все не дается в Хогвартсе - по сути, общеобразовательном учреждении, не удивительно, но быть то должно

Hannanana
Нет, в каноне заклинания не действуют на макромир. Когда им понадобится, чтобы действовали, тогда изобретут соответствующие заклинания.

Будут фиолетовые танцующие молекулы в форме канареек, а учёный, сидящий за туннельным электронным микроскопом сойдёт с ума.

Нет, потому что маги не знают о микромире. И такие опыты им в голову не приходят.

философский камень же делал что-то, восстанавливал поврежденные атомы (молекулы)?

Savakka
Все, что нам известно о философском камне - эликсир из него восстанавливал здоровье и продлевал жизнь волшебным способом.
Может, Фламель и знает что-то об атомах-молекулах. Но Фламель вообще умеет много гитик.

Виктор Некрам
а металлы в друг друга не переделывал?

Savakka, это не влияние на атомы, это "потому что потому".

Savakka
В каноне ГП - нет, ЕМНИП.

Виктор Некрам, Бобатон построен на средства Фламеля, и это было золото, полученное с помощью философского камня. Допы.

Три рубля
(удивляется допам мрачно) (нецензурное восклицание)