Если есть красная строка из нескольких пробелов, то можно её заменить временно на #### или что-то вроде того.
Чтобы потом, когда на Фанфиксе уже будет текст с тегами курсива, болда и всего прочего, перенести его в редактор типа Notepad++, заменить везде #### на \r\n и вернуть таким образом абзацы.

Без понятия, надо с техподдержкой общаться, которая может посмотреть, что на стороне сервера при вставке текста получается, и заодно варианты, почему доходит не то, сказать.

Как я. Сделать несколько макросов на расстановку тегов в тексте. Копировать и вставлять обычным текстом, теги затем заменятся уже на сайте на нормальное форматирование. Абзацы, как я понял, при простом копировании у вас сохраняются - получается, дело только в форматировании будет, а для этого вы авторасставите теги. Я так копировал тексты до того, как возможность "вставки из ворда" была даже на уровне задумке что здесь, что на фигбуке, что где угодно ещё. Способ простой и надёжный, как дубинка.