кон/кин. Цитата:
У слов "начало" и "конец" общий индоевропейский корень *kon-: *konь – «начало» (старослав. поконь, наконь), *konьcь «маленькое начало, конец». В старославянских сочетания типа [on]/[om] перед гласным сохранялись (как в "конец"), а перед согласным переходили в носовой звук (О с призвуком Н/М), в русском перешедший в [u]. Сочетания [em]/[im]/[en]/[in] перед согласным давали [e] (Е с призвуком Н/М), в русском – [‘a]. Ступень чередования [in]/[e] хорошо видна в цепочке "начало-начинати-начьну-начати". В обретенном корне -чьн- явно просматривается [k], еще в праславянском увлеченный гласным [i] (или [e]) в передний ряд, и по этой причине смягчившийся в [ch] (первая палатализация). Первичное чередование гласного корня определить труднее всего, судя по рефлексам в старославянском, оно содержало не одну ступень: сначала [o]/[e], затем по степени долготы/краткости [е]/[i]/[ь].

ссыль: http://rusjaz.diary.ru/p39566968.htm?oam