Marlagram
тут все упирается в фантастическую физику (потому что гиперспейс - это фантастика, пока), а также в количество и цену квантиума 40, на котором эти врата работают. Он редкий, очень опасный (патамушта радиоактивный и нестабильный), ну и так далее.

Что нам известно из канона, противоречивого и скудного? Что саму технологию изобрели некие древние. А молодые расы только ею пользуются. Трассы были проложены древними (большая часть их). Люди конкретно чаще всего пользуются воротами, построенными центаврианами (по их технологиям). Возможно, минбарцы это делают чуть иначе.
Люди могут строить ворота (по технологиям,которыми поделились центавриане).
Для того, чтобы ворота работали, нужен квантиум 40. Все охотятся за ним (вспомним Кэтрин Сакай и прочих геологов-разведчиков, работающих на крупные корпорации).
Также известно, что все-все-все расы сразу договорились не уничтожать ворота во время войн. И не разрушать трассы. То есть, просто нет-нет и нет. Но ворота можно закрыть и можно отключить (закрыть, поменяв код доступа, ибо многие работают по коду, типо назвал пароль можешь пролетать) Отключение тоже неудобно, потому что это не мгновенное действие. И включить их тоже быстро не получится. Несколько дней ворота будут не работать.
Так что... работа ворот и их обслуживание - дело дорогое, и расы тратят на это много ресурсов. Поэтому вряд ли можно усеять космос воротами через каждые сто метров.

Ну и вопрос безопасности - если они все-таки взорвутся, бум будет огромный, поэтому их не строят совсем близко от важных объектов (станции или планеты).