В фанфиках встречалась только версия "пофиг на петухов", но, едва ли смертельно действует.
Кажется, во второй книге не сразу всех петухов передавили, а постепенно, и василиск при этом дожил до финала. Но канон стоит проверить, на время причитания Хагрида об убитых петухах.

Я бы предположила, что петушиный крик - что-то вроде мощного отпугивателя. Слышать неприятно, больно, хочется сбежать и зарыться куда-нибудь подальше.
Такое себе послание: "Сгинь, нечистая сила!"