Вскоре после обнаружения Марш обратил внимание на расширение позвоночного канала в районе таза, которое, будучи занято спинным мозгом, содержало бы в 20 раз больше нервной ткани, чем черепная коробка. Это привело к возникновению широко известной идеи, что стегозавр имел «второй» или «задний» мозг, который мог брать на себя осуществление многих рефлексов, снижая нагрузку на головной мозг. Есть также предположение, что «второй мозг» мог обеспечивать поддержку головному при угрозе со стороны хищников. В настоящее время показано, что это расширение (найденное также у зауропод) могло содержать гликогеновое тело, обнаруженное у современных птиц. Его назначение неизвестно, предполагается, что оно снабжает нервную систему гликогеном.