Если отталкиваться от современных представлений, то можно сказать, что материи, как мы ее понимаем - вообще не существует. Это форма / состояние энергии.
А пространство - это одновременно и место расположения этой энергии, и ее конфигурация, и пространство с этой энергией взаимосвязаны. Как минимум гравитацией, как и писал Asteroid.
А вообще современные представления об устройстве вселенной могут дать очень интересные идеи для обоснования магии ГП. Например, что трансфигурация - использование тёмной материи, «вынутой» из одной из 26 размерностей. А для «вечных» чар вроде Губрайтова пламени используется подключение к тёмной энергии.