Встречный вопрос: что мешало Призраку восстановить сознание Шепарда в новом теле с уже заложенной внутри установкой не желать возвращения в Альянс и восстанавливаться в должности спектра, а послушно работать на Призрака? Если наложить ваш и мой вопрос друг на друга, вырисуется ещё более неприятный вывод из безусловного смелого, но дырявого как сито сюжета второй части. Но хотя бы боевка там гораздо динамичнее и интереснее, чем в первой.