У Джонатана Кента, конечно, есть недостатки, но давайте будем к нему справедливыми.
Да, он запрещает Кларку играть в футбол. Но если Кларк начнет играть в футбол, это будет несправедливо по отношению к другим игрокам. Те могут получить травму, Кларк - нет (о чем сам Кларк, кстати, задумывается далеко не сразу).
Зато когда Кларк внезапно начинает стрелять огнем из глаз, Джонатан не паникует. А предлагает Кларку тренироваться... нет, не на кошках, а на огородном пугале (кстати, замечательный эпизод - "прежде чем найти выключатель, нужно найти включатель"). И тот успешно осваивает термозрение.
Кстати, Вы не думаете, что боялся он не Кларка, а ЗА Кларка? И вполне справедливо, если вспомнить действия агентов правительства в поздних сезонах, и то, что случилось с Обществом Справедливости.
А то, что он недоволен, что Марта работает на Лайонела Лутора, вполне понятно. У него уже был негативный опыт общения с Лутором-старщим. Который он, не вполне справедливо, переносит и на Лутора-младшего.