Я не великий спец -- но, имха, пусть себе спокойно растет. Лишний стресс растению не нужен.

В маленькие стаканчики сажать советуют, чисто из-за того, чтобы не накосячить с поливом. Чтобы не вышло так, что часть земли в горшке влажная, а корней там нет (растение ведь еще маленькое, и корневая система маленькая), и не возникло проблем с повышенной влажностью, ведущей к возможному гниению корней.

Просто получше изучите технику полива и все будет ок)

P.S. А еще так делают, потому что некоторые растения сначала осваивают полностью пространство горшка, и только потом начинают обильно зеленеть/цвести. А многим хочется, чтобы растение визуально выглядело круто сразу)) Но к деревьям, если я правильно помню, это не относится. У меня у самой ростки лимона уже офигеть как вымахали в большом горшке, гораздо больше их корневой.