Скорее всего, Томми пролистал книгу (возможно даже "по диагонали"), потом невовремя пошел в Тайную комнату, Миртл того, он решил,что "труп есть труп", провел ритуал, как попало и как запомнил, тот, естественно пошел не так. Возможно даже оторвался кусок души больше чем положено, из-за чего крестраж получился СЛИШКОМ самостоятельным.
Ещё есть нюанс,что Тома почему-то забросило в Албанию после первого развоплощения. Не факт, что на это не повлиял тот факт, что диадему он обработал где-то в тех местах. Так что дурень который додумался утопить свой крестраж в Марианской впадине вполне может после смерти обнаружить свой дух где-то в районе Р'Льеха.