Эппл, так там, где пояснение (после слова "вначале"), она итак стоит... А вот как быть с этим союзом... Честное слово, лучше бы я не лезла в гугл проверять... Сейчас не терзалась бы никакими сомнениями))))

Ой,я вас не так поняла) сорри. А я бы и после поставила. Ставьте, Коль не уверены. Будете уверены - уберете.

я бы не стала)хотя можно и так, и так. просто это будет громоздко)

Я бы вообще точку поставила. Чтобы интонационно выделить.

Кажется, все-таки нужна. Если убрать пояснение, то выйдет чисто придаточное предложение, в котором без запятой никак.

Три разных ответа) Блин. Нет ясности в ночи))) Всё дело в том, что это не мой текст (иначе я бы без зазрения совести дергала своими вопросами бету). Это я читаю фик на фикбуке, на который мне надо оставить отзыв на фестевале) Мне два хороших отзыва прилетело. А больше видимо не будет) Но так как я хочу и дальше в них участвовать, мне-то надо три писать... Вот читаю, исправляю найденные ошибки в ПБ (а то что я, зря читаю, что ли?))), мучаю гугл вопросами, если не уверена))

БармаглоТик, ага, спасибо, вот и я так думаю)
Styx, блин, вот я тормоз) Спасибо)

Аааа. Не так тоже поняла. Нет тут зепете перед как.

Чудесная Клю, а почему нет?

По крайней мере, так казалось вначале, до того, как я пригляделась внимательнее
- акцент на процесс приглядывания. Приглядывание в смысловом плане значимо. Приглядевшись, человек что-то хорошо разглядел.

По крайней мере, так казалось вначале, до того как я пригляделась внимательнее
- акцент на моменте времени, значимо именно наличие разных временных пластов, в одном из которых что-то казалось, а в другом уже не казалось. Приглядывание здесь постольку-поскольку, не имеет значимости.

Постановка запятой зависит от замысла автора, который можно встретить в контексте. Если контекст повествует о том, что там увиделось в процессе приглядывания, запятая нужна. Если контекст продолжает выстраивать временную шкалу в виде последовательности действий, запятая не нужна.
Если речь идёт о тесте ЕГЭ или другой странной шаблонной штуке, запятую ставить не нужно. Потому что нет причин её ставить: наличия "не", наличия усилительных частиц, наличия однородных членов во второй части. Есть ещё четвёртое условие - логическое ударение автора (как раз его я расписала выше) - но в тестах оно недоказуемо, по умолчанию будет правильным вариант без запятой.

Annes, уже не актуально, но все равно, огромное вам спасибо за такое подробное и внятное объяснение!
А то уже сам начинаешь, бывает, зацикливаться и чувствовать себя идиотом)))