Матемаг
> Жать кнопку "исследовать спецпроект" или как там она, на самом корабле - он ничего не делает.

Эта кнопка включает/выключает отображение корабля как доступного для спецпроектов в общем леджере (и, соответственно, всю автоматизацию управления через леджер).

Чтобы ближайший корабль из доступных направился на исследование — нужно активировать потребный спецпроект в списке. Либо ручками направить нужный корабль в нужное место (ПКМ на аномалию → «Исследовать»).

> Как направить строительный корабль там добывающую станцию построить?

Целых три способа:
а) выбрать корабль, нажать на кнопку «Строить добывающую станцию», указать на планету с ресурсом
б) ПКМ на планету с ресурсом, выбрать пункт «Строить добывающую станцию» (строить автоматически пойдёт ближайший из свободных кораблей, либо поставится в очередь)
в) ПКМ на планетарную систему, выбрать пункт «Строить добывающие станции на всех планетах с ресурсом в данной системе»

> либо управление вот СОВСЕМ неинтуитивное
> когда ты сидишь двадцать минут в поисках кнопки, как это сделать

Попробуй играть в трезвом виде, например.

> или подсказки, какого хрена это невозможно

Tutorial mode для тщедушных, как известно. Обучение с подсветкой кнопок на каждый шаг и подробным описанием, зачем эта кнопка нужна и что она делает — не для реальных пацанов.