Kail Kill
> где лучше построиться?

В зависимости от конкретных технических решений (на выбор автора: локальные «атмосферные станции» либо распределённые «водорослевые системы»), в зависимости от топографии поверхности конкретной планеты (прикинуть в нулевом приближении структуру атмосферы, правило пальца: широты 0°, 30°, 70° плюс области сложной береговой линии).

> специально сделанный вихрь

Для заполнения атмосферы приличной планеты никакого «принесённого с собой» газа не хватит (ну, если не кидать на неё ещё одну планету целиком), нужно в любом случае перерабатывать то что есть на месте.

Хотя воздушные потоки как таковые вполне можно менять, в том числе направленными атмосферными взрывами.