Fluxius Secundus
Гермиона во-первых магглорожденная, у нее этика всё-таки хоть как-то должна быть ближе к человеку.
Во-вторых, магам на магглов пох, для них они смешные животные - а вот против своих осуждается, вон как шалости Локхарта. Для Гермионы родители "свои" (ну, надеюсь).
Если бы родителям Гермионы промыл мозги, скажем, Муди, под предлогом "ачотакого" - было бы понятно.

Кстати, нигде не сказано, что родители Гермионы кукухой не двинулись. Как тот маггл-смотритель или Берта Джоркинс. Так что по аналогии буду считать что дилетантские мегаглубокие чары модификации памяти у Гермионы получились даже хуже чем у опытного мага Крауча. И родители стали немношк поехавшими, может даже не немношк.

В любом случае, они Гермиону простили бы за бесцеремонное перехерячивание сознания. У них бы выбора не было - возникло бы желание простить не менее сильное, чем бросить дела и свалить в Австралию.