Да, если участвовали в политических делах, в которые была вовлечена армия в 1991-1993 годах. С кон. 1993 года нет, так как с кон. 1993 года (согласно принятой Конституции 1993) РФ признала своё правопреемство от СССР и, юридически говоря, они не преступники (опять же если не выполняли прямые преступные приказы).
Со спецслужбами ситуация несколько другая. Разведчики, я думаю, ни в чем не виновны. А вот контрразведка, особенно высшие чины - совсем иное дело. Ну там и избежать того, чтобы в крови замараться, было сложнее.

Моя позиция проста - нельзя винить обычных людей, особенно офицерский состав и рядовых за то, что они совершили ошибку там, где большинство населения ошиблось. Этак можно, как А.А. Зиновьев, весь народ записать в преступники и предатели Родины (что он и сделал в своих книгах).

P.S. C втор. пол. 2014 года количество судей, прокуроров, генералов внутренних войск, армии, спецслужб, никак не замаравшихся либо в крови невиновных, либо в измене Родине начинает резко падать. Но это уже совсем другая история. Имеющая скорее этическое, чем юридическое измерение. Зря Россия как государство полезла колониальные войны вести и грязные договорняки на крови заключать. В прошлый раз это для России закончилось 1917 годом. Историей управляет не случай, а внутренние закономерности, но еще выше их стоит Бог. Если Его законы нарушить, то любое государство просто рухнет.