Хагрид же полувеликан, он вроде как был более устойчив к заклинаниям. Даже если бы в него пару раз попали, он все равно имел хорошие шансы выжить, справиться с управлением и довезти Гарри до убежища. Да и зачарованный мотоцикл мог оказаться надежнее метлы.
А еще и сам Хагрид, и его сомнительная "магловская повозка" наверняка вызвали у Волдеморта и пожирателей лишь презрение, так что их бы избрали целью в последнюю очередь и вообще могли упустить, если бы не экспеллиармус))