О, о, я тоже пару лет назад над таким думал и где-то у меня лежит проект с лором и историей мира Наруто по сянься. Ну ответ мне кажется очевидным. Чакра это немножко другое направление.
Сен чакра очевидно это ци/духовная энергия неба и земли
Телесная энергия — ци крови, энергия крови, ци и кровь и тд.
Ментальная... Ну что-то типа энергии души, такое изредка тоже бывает.
Очаг чакры — даньтянь.
Шиноби не культивируют внешний ци, а сливают энергию крови и энергию души и так её юзают, без культивирования.