Не вступление в организацию, а конкретные преступления вменяются в вину, разве не так? Мало ли кто куда вступил.
Вспомните, Каркаров на суде говорил не просто о том, что тот или иной был членом организации, а о том, кто что совершил.

Так Сириуса упекли в Азкабан вовсе без суда, какая уж тут презумпция. И не один Сириус там такой - потому что при Крауче был беспредел. Вообще, трудно сказать, какое там законодательство, слишком много дыр в каноне. Ну и само по себе законодательство не гарантирует, что частные случаи произвола и судебные ошибки невозможны.