Чтобы быть на чьей-то стороне, пауки должны были быть обьединены. А после смерти Арагога у них была как раз потеря центрального столпа иерархии.
Так что имхо, в лучшем случае у пауков шла грызня за власть между группировками, в худшем была полная анархия.
Соответственно, в первом случае получаем, что группировка пошедшая за пожирателями - это не все пауки, и было их не так много, как могло бы, и атаковали они только защитников (ну по большей части). Эта группировка по итогу проиграла, и к власти пришел условный Арагог v 2.0.
А во втором случае получаем, что пауков на поле боя было больше, но атаковали они всех.

фактически пауки помогали пожирателям, но номинально они оказывали помощь Министерству Магии - поскольку среди осаждавших был Пий Толстоватый эту помощь юридически можно считать официальным прецедентом признания пауков договороспособными разумными существами

пауки помогают министерству -> министерство признаёт за пауками некие минимальные гражданские права - признать за пауками право охотиться на животных в Запретном Лесу, не позволять людям беспричинно убивать пауков - это немного, но это лучше чем статус "особо опасной твари"

у пауков очень сильная градация по уровню интеллекта - молодые особи по сути и есть животные которые под давлением инстинктов жаждут лишь убивать и пожирать

однако ограниченный круг очень старых особей - первые поколения детей Арагога - предельно сознательные, расчётливые и хитрые, способны на долгосрочное планирование и глубокую дипломатию с людьми

По-моему в каноне вполне чётко говорилось, что сражались они на стороне ПС.

Исповедник
Да вот я перечитала в очередной раз и не вижу чётких указаний)

а мне казалось что они нападали на всех подряд, а так-как ПС были ближе, больше на них, и им пришлось на них отвлекаться, но и побили их сильно. С другой стороны Хагрид? а как он потом к пожирателям попал? пауки отдали, или они зачем-то его отбили? В общем не понятно, может и за Пс.